1805 : Les travaux de Rabiny-Callinet
Lors du rétablissement du culte, au début de l’année 1804, l’instrument était en mauvais état. Le 20 février 1805, le facteur d’orgues Joseph Rabiny et son gendre François Callinet, établis à Rouffach, envoyèrent un devis pour un relevage complet de l’orgue pour 2.738 francs. A la fin de leur devis, les facteurs proposèrent de baisser la tribune, qui était trop haute dans la nef de l’église médiévale, et de poser au lieu du Clairon de pédale une Bombarde, qui “fait l’effet de Contrebasse” et qui est le “jeu le plus majestueux et du plus grand effet”. Sur la base de ce devis, un accord fut conclu le 20 février 1805, pour le montant de 2.738 francs. La tribune fut effectivement abaissée, en supprimant la tribune inférieure. Le relevage complet de l’instrument fut réceptionné le 6 août 1805 par Theobald Eppel et Frédéric Daniel Cräner.
Moins de vingt ans plus tard, l’église médiévale menaçait de s’effondrer. En 1833, les offices tant catholiques que protestants furent transférés dans la chapelle du cimetière, en dehors des murs de la cité, et l’orgue fut réduit au mutisme. En 1845, juste avant la démolition de l’église, l’instrument fut démonté par Claude-Ignace Callinet et entreposé au presbytère protestant. Deux nouvelles églises furent édifiées, dont celle destinée au culte protestant fut achevée en 1850, sur les plans de l’architecte Laubser.